大部分早期三阴性乳腺癌患者在手术前需要进行新辅助化疗，有助于缩小肿瘤、提高手术的可行性和成功率。其中，大约三分之一患者可以获得病理完全缓解、生存结局较好。不过，其余三分之二患者仍然残留病变、复发风险较高。手术后对外周血液进行循环肿瘤DNA测序和循环肿瘤细胞计数（又被称为液体活检）可以从分子水平和细胞水平检测微量残留病变，早期预测哪些患者可能复发，以便及时采取措施强化治疗。
2020年7月9日，《美国医学会杂志》肿瘤学分册在线发表印第安纳大学、威斯康星医学院、芝加哥大学、阿拉巴马大学、乔治城大学、佛罗里达好莱坞纪念医院、埃默里大学、印第安纳波利斯地区肿瘤医院、佛罗里达大学、佛罗里达西尔维斯特综合癌症中心、威斯康星奥罗拉医院、田纳西厄兰格医院、马萨诸塞剑桥基础医学、戴维斯加利福尼亚大学、普渡大学的BRE12-158研究预设二次分析报告，探讨了早期三阴性乳腺癌患者术前新辅助化疗后循环肿瘤DNA和循环肿瘤细胞与复发和生存结局是否独立相关。
NCT02101385: A Phase II Randomized Controlled Trial of Genomically Directed Therapy After Preoperative Chemotherapy in Patients With Triple Negative Breast Cancer: Hoosier Oncology Group BRE12-158
该多中心随机对照二期临床研究于2014年3月26日～2018年12月18日入组早期三阴性乳腺癌术前新辅助化疗后残留病变患者196例（平均年龄49.6±11.1岁）按1∶1随机分为两组，一组针对新辅助化疗后基因组进行治疗，一组根据医师选择进行治疗。入组时，收集患者血液标本，对142例患者进行循环肿瘤DNA与生存结局分析，对123例患者进行循环肿瘤细胞与生存结局分析。主要结局为无远处病变生存期、无病生存、总生存。
结果，中位随访17.2个月（范围0.3～58.3个月），循环肿瘤DNA阳性与阴性的患者相比：
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无远处病变生存时间显著较短（中位32.5个月比未达终点）
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远处病变或死亡风险高2.99倍（95%置信区间：1.38～6.48，P=0.006）
24个月时，循环肿瘤DNA阳性与阴性的患者相比：
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无远处病变生存比例显著较低（56%比81%）
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病变死亡风险高2.67倍（95%置信区间：1.28～5.57，P=0.009）
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总体死亡风险高4.16倍（95%置信区间：1.66～10.42，P=0.002）
循环肿瘤DNA＋循环肿瘤细胞，可以为提高敏感性和特异性提供更多信息。
循环肿瘤DNA＋循环肿瘤细胞双阳性与循环肿瘤DNA＋循环肿瘤细胞双阴性的患者相比：
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无远处病变生存时间显著较短（中位32.5个月比未达终点）
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远处病变或死亡风险高5.29倍（95%置信区间：1.50～18.62，P=0.009）
24个月时，循环肿瘤DNA＋循环肿瘤细胞双阳性与循环肿瘤DNA＋循环肿瘤细胞双阴性的患者相比：
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无远处病变生存比例显著较低（52%比89%）
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病变死亡风险高3.15倍（95%置信区间：1.07～9.27，P=0.04）
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总体死亡风险高8.60倍（95%置信区间：1.78～41.47，P=0.007）
因此，该随机临床研究预设二次分析结果表明，早期三阴性乳腺癌患者新辅助化疗后循环肿瘤DNA和循环肿瘤细胞阳性与病变复发独立相关，高于常规临床指标，对于将来的新辅助研究，可以成为新的重要分层因素。
对此，西北大学费恩伯格医学院罗伯特·卢里综合癌症中心发表同期评论：早期三阴性乳腺癌患者微量残留病变阳性、阴性或更复杂？
